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超淨工作台普遍適用於醫藥衛生、生物製藥、食品、醫學科學實驗、光學、電子、無菌室實驗、無菌微生物檢驗、植物組培接種等需求部分幹淨無菌工作環境的科研和消費部門，其原理在於在特定的空間內，室內空氣經預過濾器初濾，由小型離心風機壓入靜壓箱，再經空氣高效過濾器二級過濾，從空氣高效過濾器出風麵吹出的幹淨氣流具有一定的和平均的斷麵風速，能夠掃除工作區原來的空氣，將塵埃顆粒和生物顆粒帶走，以構成無菌的高幹淨的工作環境。

有人在運用超淨工作台的過程中，由於操作上的不標準，會招致超淨工作台遭到汙染，因而定期對超淨工作台停止清潔工作是很有必要的，要做到：取樣完畢後，先用毛刷刷往幹淨工作區的雜物和浮塵。用細軟布擦拭工作台外表汙跡、汙垢目測無清潔劑殘留，用清潔布擦幹。定期用紗布沾上酒精將紫外線殺菌燈外表擦潔淨，堅持外表清潔，否則會影響殺菌才能。每次運用終了，立刻清潔儀器，懸掛標識，並填寫儀器運用記載。

除此之外，關於運用環境的選擇，超淨工作台也是有一定請求的，要做到：應安放於衛生條件較好的中央，便於清潔，門窗可以密封以防止外界的汙染空氣對室內的影響。嚴禁安放在產生大塵粒及氣流大的中央，以保證支配區空氣的正常活動。安放位置應闊別有震動及噪音大的中央。